O Museu Geológico data de 1859, quando a Comissão Geológica do Reino se instalou no Convento de Nossa Senhora de Jesus da Ordem Terceira de S. Francisco.
Na origem do Museu estão os exemplares recolhidos nos trabalhos das Comissões Geológicas e, mais tarde, dos Serviços Geológicos de Portugal, do Instituto Geológico e Mineiro e, atualmente, do Laboratório Nacional de Energia e Geologia.
Salientam-se como pioneiros da Geologia portuguesa: Carlos Ribeiro, Nery Delgado, Paul Choffat cuja atividade originou o que hoje constitui as coleções de referência ao serviço da comunidade científica.
A disposição das coleções, o seu mobiliário expositivo e a arquitetura interior refletem, em muito, o tipo de museologia do séc. XIX, de que já restam poucos exemplos na Europa, o que o faz ser considerado, pelos especialistas, como um “Museu dos Museus”.
O Museu Geológico integra a Rede Portuguesa de Museus e em 2010 foi classificado como “Imóvel de Interesse Público”, atendendo ao “incalculável valor científico das coleções que conserva e ao seu íntegro espaço expositivo que é já uma referência por si próprio, da museografia oitocentista, dos seus sistemas classificatórios e de apresentação de peças, na verdade um “museu dos museus” de história mineralógica, paleontológica e arqueológica, cujo reconhecimento e preservação deverão ser acautelados no âmbito da classificação do conjunto”.
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