A Cartografia Hidrogeológica constitui um instrumento fundamental para a prospeção de massas de água subterrânea, bem como para o planeamento e ordenamento do território regional. A Cartografia Hidrogeológica de Portugal à escala 1:200 000 é uma missão nuclear do LNEG, baseada na atividade permanente de inventariação, avaliação e interpretação de informação hidrogeológica, abrangendo aspectos quantitativos e qualitativos das águas subterrâneas e sua correlação com as diferentes formações geológicas do território nacional. Além da cartografia hidrogeológica oficial, o LNEG produz cartografia hidrogeológica de carácter temático, incluindo contaminação e vulnerabilidade, a diferentes escalas, acompanhadas de notas explicativas. Como suporte à cartografia hidrogeológica, é também competência do LNEG a organização e harmonização dos dados hidrogeológicos em Sistemas de Informação Geográfica, tendo em vista a interoperabilidade de dados e serviços na UE.