A coleção é essencialmente constituída por instrumentos antigos de laboratório e de campo, da qual está exposta uma pequena parcela na Sala de Mineralogia.

Destaca-se, no conjunto, o microscópio universal encomendado pelo mineralogista Vicente Sousa Brandão à casa R. Fuess em Berlim, e expressamente construído por C. Leiss para a Comissão do Serviço Geológico  e outro equipamento científico, nomeadamente os aparelhos usados nos estudos petrográficos e mineralógicos: microscópios portáteis, polariscópios, goniómetros.